新冠病毒为单链RNA病毒,其基因组突变较为频繁。单靶标检测对低病毒载量样本及发生突变的病毒株,易造成漏检。靶标检测出现单阳,需复检的比率可达10%以上,可能增加工作量,延长确诊时间。多靶标检测,各靶标结果相互验证,可提高检出率,有利于尽早确诊。
新冠病毒通过其表面的刺突蛋白(Spike蛋白,S蛋白)与宿主细胞表面的ACE2受体结合,进而入侵细胞。
图1.新型冠状病毒感染机制示意图
英国新冠变异株B.1.1.7
在本月26日,对于B.1.1.7毒株的第一篇科研论文在线刊出,英国伦敦大学卫生与热带病学院所证实B.1.1.7毒株的传播能力比其他毒株高出56%(95% CI 50-74%)。因为这一新的突变株具有更为明显的传播力,令控制COVID-19变得更为艰难。次日,英国伯明翰大学在medRxiv上传了一篇文章,研究发现B.1.1.7突变株感染患者(S-gene dropout)的ORF1ab和N病毒基因拷贝数显著增高;而这一现象在人群监测的检验中更为明显,这篇文章指出英国突变株B.1.1.7感染患者具有显著增高的病毒载量,因此这一突变株的致病性可能也更强。
图2. 英国新冠突变株B.1.1.7含有的基因组突变序列
南非新冠变异株501Y-V2
2020年12月18日,南非检测到一种新冠变异株—501Y-V2突变体,目前南非突变株已传播至20多个国家。实验表明,上述新冠病毒突变体以及可能带有K417N/T、E484K和N501Y突变的其他新冠病毒变体,可以降低疫苗诱导的血浆中和抗体的中和能力。然而501Y.V2南非突变株基因组序列与参考基因组Wuh01(序列号MN908947)相比,具有23个核苷酸变异位点,与英国突变株B.1.1.7亚型拥有相同的N501Y突变,但还包含对病毒感染能力有潜在重要影响的S蛋白E484K、K417N两个关键位点的突变。
图3.英国和南非突变株共有的N501Y碱基突变
创坤生物检测产品
创坤生物针对B.1.1.7和501Y-V2新冠变异株做相对应的检测方法,成功研制出属于本公司的检测产品。该产品优点:灵敏度高;同时检测4靶标,覆盖B.1.1.7突变株及501Y.V2 南非突变株主要突变位点,可实现N501Y、HV69-70del、E484K以及新冠病毒S基因的同时检测;检测结果快:从样本的采集处理到结果分析仅需要1小时30分。
图4.新冠四重检测-英国变异株扩增曲线
图5.新冠四重检测-南非变异株扩增曲线
图6. 新冠野生型扩增曲线
目前尚不清楚这些突变的积累对新冠大流行的长期影响如何。但这提醒了我们,这些突变可能会影响自然免疫力和接种疫苗带来的免疫力的有效性。也提醒了我们需要长期持续监测新冠病毒,并对新冠疫苗进行更新,以应对新冠病毒的进化。
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